氢气的效应客观存在，机制不十分清楚，这是目前研究的最客观描述。那么如何研究，在大方向上是清楚的，就是要力争弄清楚氢作用的分子机制，但具体如何进行研究则是比较具有挑战性的问题。明确氢气具有非抗氧化间接效应十分重要。
因为氢气在体内存在的时间十分短暂，例如一定停止补充，人体内在30分 钟内就可以通过呼吸系统完全释放出来，而许多治疗结果显然存在持续性或长期性效应。短时间接触，长时间效应，这表明氢气的作用具有间接性而不是直接性的。 抗氧化是典型的直接效应，这导致许多治疗效应无法用抗氧化来解释。机体内氧化损伤理论上会持续发生，氢的短时间作用如何克服这种长期的损伤，显然就是一个 疑问。假如氢是通过间接效应产生，那么是什么分子作为氢气在身体内产生作用的代理就十分重要。从现在的研究看，如Nrf2、饥饿素、FGF21和HO-1等 逐渐被人发现，但这些分子是否可以在生理状况下被氢气启动，如果不能，那么仍有可能这些分子本身是被损伤因素诱导，这只是氢气效应的伴随现象，而不是效应 分子。解答这个问题比较理想方法是使用药物阻断和基因敲除这些分子，观察是否效应仍存在。如果效应消失，那么可以确定这些分子确实属于氢发挥作用的体内效 应分子。其次要回答，氢的效应分子是一种，几种还是多种。这个问题更难以解决，虽然采用组学方法有利于寻找兴趣分子，例如有人发现许多氧化还原酶有可能参 与氢的效应。但仍必须对每个具体分子进行确认。这也是组学研究方法本身要求的。
